Theo định lý CPT của vật lý hạt, các nguyên tử phản hydro nên có nhiều đặc điểm thường có của các nguyên tử hydro, nghĩa là chúng phải có cùng khối lượng, mômen lưỡng cực từ, và tần số chuyển đổi giữa các trạng thái lượng tử của chúng. Ví dụ, các nguyên tử phản hydro bị kích động được dự kiến sẽ phát sáng với các màu sắc giống như của hydro thông thường. Nguyên tử phản hydro phải bị hấp dẫn trọng lực vào các vật chất khác hoặc phản vật chất với một lực có độ lớn tương tự như các nguyên tử hydro thông thường phải chịu.

Khi nguyên tử phản hydro tiếp xúc với vật chất thông thường, các thành phần của chúng nhanh chóng tiêu diệt. Hạt positron, là một hạt cơ bản, hủy điện tử trong vật chất thông thường trong khi khối lượng còn lại của positron và đối tác hủy diệt của nó phát ra năng lượng ở dạng tia gamma. Hạt phản proton mặt khác được tạo thành phản quark kết hợp với các hạt quark trong hoặc neutron hoặc proton trong vật chất thông thường và kết quả hủy diệt trong các hạt năng lượng cao được gọi là pion. Những pion lần lượt nhanh chóng phân rã thành các hạt khác gọi là hạt muyon, neutrino, hạt positron và điện tử, và các hạt này nhanh chóng tiêu tan. Tuy nhiên, nếu các nguyên tử phản hydro được để bị đình chỉ trong một trạng thái chân không hoàn hảo, chúng phải tồn tại vô thời hạn.